Um sistema de arquivos é um conjunto de estruturas lógicas e de rotinas, que permitem ao sistema operacional controlar o acesso ao disco rígido. Diferentes sistemas operacionais usam diferentes sistemas de arquivos. O Windows 98 por exemplo suporta apenas os sistemas FAT 16 e FAT 32, o Windows 2000 suporta também o NTFS, que é seu sistema de arquivos nativo. O Linux utiliza o EXT2 como sistema nativo, mas também também suporta outros sistemas.